1、机动车被盗后车主注销机动车的程序为:车辆所有人应当填写申请表,并提交车辆登记证书、车辆行驶证、车辆所有人的身份证明和机动车灭失证明,以及在境外使用车辆人的出境证明和海关出具的《中华人民共和国海关监管车辆进(出)境领(销)牌照通知书》等证明、凭证到车管所进行注销。
2、法律依据:《机动车登记规定》
第二十九条 属于本规定第二十八条第一款规定的情形,机动车所有人申请注销登记的,应当填写申请表,并提交以下证明、凭证:
(一)机动车登记证书;
(二)机动车行驶证;
(三)属于机动车灭失的,还应当提交机动车所有人的身份证明和机动车灭失证明;
(四)属于机动车因故不在我国境内使用的,还应当提交机动车所有人的身份证明和出境证明,其中属于海关监管的机动车,还应当提交海关出具的《中华人民共和国海关监管车辆进(出)境领(销)牌照通知书》。 车辆管理所应当自受理之日起一日内,审查提交的证明、凭证,收回机动车登记证书、号牌、行驶证,出具注销证明。