海关监管手续费是指海关按照《中华人民共和国海关对进口减税、免税和保税货物征收海关监管手续费的办法》的规定，对减税、免税和保税货物实施监督、管理所提供服务征收的手续费。
(一)海关监管手续费仅对进口减免关税的货物和保税货物征收。
1、供应国际航行船舶、飞机进口时予以免税的燃料、船(机)用物料、机器设备的零件、部件和其他货物;
2、现有企业为技术改造而进口的减税或免税的机器设备;
3、科研机构和大专院校进口免税的科研和教学专用设备;
4、国内机构和企业利用外国政府或国际金融组织贷款进口的减免税货物;
5、国家鼓励发展的内外资项目进口的减免税货物;三资企业进口用于营业性的物资及进口料件加工后内销，仍予减免税的物资;
6、进料加工和来料加工项目内的，以及境外客商提供的，准予暂免税进口在国内加工、装配后复出口的进口原料、材料、辅料、零件、部件和包装材料;
7、在国内保税、寄售的进口减免税货物;
8、国务院特定的其他进口减免税货物;
9、经海关总署或海关总署会同财政部按照国务院的规定审查批准的临时减免税进口货物。
(二)下列无税、减免税或保税货物，免或暂免征收海关监管手续费。
1、《进出口税则》列名进口免税的货物;
2、外国政府、国际组织无偿赠送的物资;
3、外国团体和个人赠送的礼品及华侨、港澳台同胞捐赠的用于公益事业的物资;
4、用于救灾的物资;
5、口供残疾人专用的设备和物品，以及残疾人福利工厂进口的机器设备;
6、享受外交特权和豁免的外国机构进口的公务用品;
7、在海关放行前遭受损坏而准予减免税的进口货物;
8、向国外索赔的准予减免税的进口货物;
9、进口后未经加工，保税储存不足90天即转运复出口的货物;
10、暂时进口货物;
11、准予免税进口的直接军事订货;
12、经国务院及海关总署特准免征监管手续费的其他减免税和保税货物。
(三)海关监管手续费按以下标准征收
1、进料加工和来料加工中，属加工装配机电产品复出口的货物，按照海关审定的货物CIF价格的1.5‰计征;
2、来料加工中引进的先进技术设备，以及加工首饰、裘皮、高档服装、机织毛衣和毛衣片、塑料玩具所进口的料、件，按照海关审定的货物的CIF价格的1‰计征;
3、进口后保税储存90天以上(含90天)未经加工即转运复出口的货物，按关税完税价格的1‰计征;
4、进口免税货物，按照海关审定的货物的CIF价格的3‰计征;
5、进口减税货物，按照实际减除税赋部分的货物的CIF价格的3‰计征;
6、其他进口保税货物，按照海关审定的货物的CIF价格的3‰计征。
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