1、两者虽都发生在税收征管领域,但发生的具体阶段不同。徇私舞弊不征、少征税款罪往往直接发生在税务机关的工作人员在征收税收的过程中,或者应当履行征收税收职责而故意不履行。徇私舞弊发售发票则往往发生在征收税收之前,徇私舞弊出口退税又往往发生在征收税收之后。只有抵扣税款的行为可以发生在征收过程中。
2、行为的具体方式不同,徇私舞弊不征、少征税款罪的舞弊方式往往表现为不作为,即行为人为徇私情私利而故意不履行其应当履行的职责,也可以表现为不正确履行其职责。徇私舞弊发售发票、抵扣税款、出口退税罪则往往表现为作为,即行为人为徇私情私利,故意通过其积极的行为去违法发售发票、抵扣税款或办理出口退税。