1、风险增加：
组合注册的风险更大，反之分开注册的风险更小，对于中文商标、英文商标及图形商标组合注册的商标，商标局会将其拆开来分别审查，只要有其中一个元素跟他人商标中的相同元素构成相同或近似，则该组合申请就被判定商标整体驳回。
2、使用不便：
组合申请，使用时则必须按照之前提交到商标局的格式使用，使用时不方便，不灵活且不能拆分，不能换位置，绑定死了;而单一注册则非常灵活，可使用，亦可随意组合用。可以单独使用，可以组合，对于产品包装，广告宣传上用非常方便，如果想印商标标志的面积本来就小，组合使用不仅影响的商标的美感且不便于消费者识别。
3、时间增加：
组合注册的商标其审查速度会比单一注册的商标相对较慢，因为每部分都要分开审查，但单一注册则互不影响。
4、费用问题：
组合注册的商标费用少，单一注册的费用多。组合注册为一个商标是一份的钱，单一注册是要多几份钱。虽然表面成本增加了，但是实际使用过程中产生的无形效益要远远大于分开注册的这笔费用。
单一注册和组合注册各有利弊，长远来说，单一注册的优势更明显，商标使用时可随意搭配使用，单一注册在申请大大提高商标注册成功几率的同时，又能增强商标在注册成功后的商标防御能力，便于商标后期的维权。
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