1、犯罪嫌疑人在检察院认罪认罚仍然还是有可能会被起诉,尤其是情节严重,需要依法追究其刑事责任的情况下,检察院会提起公诉。除非存在法定的不起诉事由。比如:情节显著轻微、危害不大,不认为是犯罪的。
2、法律依据:
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条 法定不起诉的条件
犯罪嫌疑人没有犯罪事实,或者有本法第十六条规定的情形之一的,人民检察院应当作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微,依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的,人民检察院可以作出不起诉决定。人民检察院决定不起诉的案件,应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的,人民检察院应当提出检察意见,移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。