员工借老板钱跑路算诈骗吗

不一定算。
刑事案件中的诈骗罪是要求非法占有为目的，通过虚构事实或者隐瞒真相的方法，骗取公私财物达到一定金额的犯罪，单纯的公司法人失联不能证明其有虚构事实的成分，况且民事判决已经赢了，还是应该通过法院执行庭申请强制执行。
法律依据：
《关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二十五条
出借人请求借款人按照合同约定利率支付利息的，人民法院应予支持，但是双方约定的利率超过合同成立时一年期贷款市场报价利率四倍的除外。前款所称“一年期贷款市场报价利率”，是指中国人民银行授权全国银行间同业拆借中心自2019年8月20日起每月发布的一年期贷款市场报价利率。