首先需要明确的是您们之间签订的分居协议的效力。如果此分居协议是您们双方的真实意思表示,且不违背法律的强制性规定、不侵害第三人的合法权益,那么是有法律效力的。在此前提下,如果您们对分居四个月的双方收入如何支配已经做了约定,就应依照约定处理;相反,如果对此没有约定,则在您们婚姻关系尚未解除的情况下,仍然属于夫妻共同财产。
另外,关于女方在您们分居期间买房子在离婚时如何分割的问题也同样与您们的分居协议有关。因为女方的首付款是借款,所以,如果您们已经在分居协议中将个人借款约定为个人债务,且以后的房贷也由个人来支付而不是由夫妻共同财产来支付的,那么这套房子就成为女方的个人财产,当然所有借款也成为女方的个人债务。