三方协议自己签对方没签后对方拿到扫描件打印签字有效吗

有效。但是如果从法律风险上说，不建议扫描公章，以防发生纠纷的时候难以证明证明公章的可靠性，从而不能保障当事人的权益。从证据角度来说，扫描件是图片，作为复印件的形式存在，从技术上可以被篡改，因此单单扫描件的证明效力是很低的，除非对方对扫描件认可，否则需要提供其它相关证据进行佐证，形成证据链条，扫描件才能作为定案证据，从而具有较高证明效力。扫描件相当于复印件，仅凭此去打官司是很难得到法院支持。法律依据：《民事诉讼法》第七十条
书证应当提交原件。物证应当提交原物。提交原件或者原物确有困难的，可以提交复制品、照片、副本、节录本。 提交外文书证，必须附有中文译本。

三方协议必须三方全部签字盖章才有效，有任何一方不签字都不生效的。
　　三方协议是《普通高等学校毕业生、毕业研究生就业协议书》的简称，它是明确毕业生、用人单位、学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，能解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题。协议在毕业生到单位报到（凭《全国普通高等学校本专科毕业生就业报到证》或《全国毕业生研究生报到证》）、用人单位正式接收后自行终止。