(一)若遇到犯罪嫌疑人死亡一般情况的处理:司法机关应依据所处诉讼阶段,分别作出撤销案件、不起诉、终止审理或宣告无罪的决定。
(二)若有证据证明死亡的犯罪嫌疑人无罪:司法机关应依法宣告其无罪。
(三)对于特定重大犯罪案件:如贪污贿赂犯罪、恐怖活动犯罪等,犯罪嫌疑人死亡且依刑法应追缴违法所得及其他涉案财产的,可启动违法所得没收程序处理涉案财产。
法律依据:
《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条,有下列情形之一的,不追究刑事责任,已经追究的,应当撤销案件,或者不起诉,或者终止审理,或者宣告无罪:(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的。同时,该法还规定了对于贪污贿赂犯罪、恐怖活动犯罪等重大犯罪案件,犯罪嫌疑人、被告人逃匿,在通缉一年后不能到案,或者犯罪嫌疑人、被告人死亡,依照刑法规定应当追缴其违法所得及其他涉案财产的,人民检察院可以向人民法院提出没收违法所得的申请。