1、离婚协议要是违反程序,得按照具体的违规情况来处理。要是在协议离婚的时候,离婚协议没遵守法定程序,像没经过离婚冷静期。按照法律规定,协议离婚必须有三十天的冷静期,在这期间只要有一方反悔,就能撤回离婚申请。要是没走这个程序就办了离婚登记,那这个登记可能没什么效力。这时候,当事人可以跟婚姻登记机关提意见,婚姻登记机关查清楚情况后,可能会把离婚登记给撤销。
2、要是离婚协议在签的时候程序不合法,比如一方用欺诈、胁迫的办法,让对方在不情愿的情况下签了协议。那受欺诈、胁迫的一方,在知道或者应该知道能撤销协议的事儿那天起一年之内,可以去法院请求撤销这个离婚协议。法院审理后,如果发现真有欺诈、胁迫的情况,就会判决撤销协议。之后,双方可以重新商量,或者通过打官司来解决离婚、财产分割、子女抚养这些问题。
3、要是离婚协议在执行的时候,因为程序问题起了纠纷,比如一方不按协议配合办理财产过户手续。另一方可以去法院起诉,要求对方履行协议。法院会根据实际情况做出判决。