一般来说,收费站没有权力随便扣车,不让车辆通行。因为按照法律,行政强制措施要由法律、法规规定的行政机关在法定职权范围内实施,扣车属于行政强制措施,得由有法定职权的行政机关,像公安机关交通管理部门、交通运输执法部门等依法执行。而收费站只是提供收费服务的,不是有扣车权力的行政机关。
但在一些特定情况下,收费站可以扣车。比如车辆逃费,或者严重损坏收费设施还不配合处理,这些明显违反收费管理规定的行为发生时,为了保障正常收费秩序、维护自身权益,收费站能暂时留置车辆,促使当事人解决问题。不过这只是自力救济措施,收费站要及时通知有权机关来处理,不能长时间自己扣车。
要是收费站没有正当理由就扣车,车辆所有人可以要求其马上放行。要是因为扣车造成了损失,车辆所有人还能依法让收费站赔偿。