夫妻一个农村户口一个非农，在2003年生育二胎是否违法？

对以前的超生是不具备追溯力的。不符合国家和当地计生政策超生的子女，可以由孩子父母或者监护人，凭孩子出生医学证明到孩子父母一方户籍所在地派出所给孩子上户口。不会因为没有缴纳罚款而不给孩子上户口。
但是违反国家和当地计生政策，还是需要交纳社会抚养费名义的罚款。具体社会抚养费征收额度各地规定不一样，以当事人本地计生条例规定为准。
当事人如果拒绝缴纳罚款，作出处罚决定的计生部门可以依法起诉当事人，申请强制执行。
构成违反治安管理行为的，依法给予治安管理处罚；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
《关于解决无户口人员登记户口问题的意见》规定：
二、依法为无户口人员登记常住户口
（一）不符合计划生育政策的无户口人员。政策外生育、非婚生育的无户口人员，本人或者其监护人可以凭《出生医学证明》和父母一方的居民户口簿、结婚证或者非婚生育说明，按照随父随母落户自愿的政策，申请办理常住户口登记。申请随父落户的非婚生育无户口人员，需一并提供具有资质的鉴定机构出具的亲子鉴定证明。
《社会费征收管理办法》规定：
第三条 不符合人口与计划生育法第十八条的规定生育子女的公民，应当依照本办法的规定缴纳社会抚养费。
社会抚养费的征收标准，分别以当地城镇居民年人均可支配收入和农村居民年人均纯收入为计征的参考基本标准，结合当事人的实际收入水平和不符合法律、法规规定生育子女的情节，确定征收数额。社会抚养费的具体征收标准由省、自治区、直辖市规定。
任何单位和个人不得违反法律、法规的规定擅自增设与计划生育有关的收费项目，提高社会抚养费征收标准。
第四条 社会抚养费的征收，由县级人民政府计划生育行政部门作出书面征收决定；县级人民政府计划生育行政部门可以委托乡（镇）人民政府或者街道办事处作出书面征收决定。