原告**公**被告医院签订《政府采购协议》系其真实意思表示，且不违反法*规定，是合法**的，合同当事人理应*约履行各自义务，原告按约履行货物的交付、安*等义务，被告也进行验收，且原告提供一年*质保维修，而被告在约定的期限内未完全*行支*货款义务，后**要仍未支*，其行为明*违约，应*担违约责任，且按约支*下欠货款的期限均已到期，故原告要求被告支*下欠货款539400 元*违约金 89900 元*被告反损失、承担违约责任*在先，其可拒绝被告履行的请求，原告的抗辩理由符*法* 规定，故被告的反合同义务完毕**另行主张。据此《中华*民共和**法*》 第五百零九条、第五百二十六条、第五百七十九条的规定，判决如下：

一、被告十五日内向*告支*货款539400 元*违约金 89900 元； 二、驳回被告（反诉原告）的诉讼请求；