原告公司与被告医院签订《政府采购协议》系其真实意思表示，且不违反法律规定，是合法有效的，合同当事人理应按约履行各自义务，原告按约履行货物的交付、安装等义务，被告也进行验收，且原告提供一年的质保维修，而被告在约定的期限内未完全履行支付货款义务，后经催要仍未支付，其行为明显违约，应承担违约责任，且按约支付下欠货款的期限均已到期，故原告要求被告支付下欠货款539400 元及违约金 89900 元的被告反损失、承担违约责任等在先，其可拒绝被告履行的请求，原告的抗辩理由符合法律 规定，故被告的反合同义务完毕后可另行主张。据此《中华人民共和国民法典》 第五百零九条、第五百二十六条、第五百七十九条的规定，判决如下：
一、被告十五日内向原告支付货款539400 元及违约金 89900 元； 二、驳回被告（反诉原告）的诉讼请求；
