强奸13岁未成年人以强奸罪论处且从重处罚。法律规定，强奸妇女、奸淫幼女情节一般，处三年以上十年以下有期徒刑；有情节恶劣、多人、公共场所当众强奸等情形，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或死刑。因被害人是13岁未成年人属奸淫幼女，犯罪人会在量刑幅度内被从重判刑，具体量刑由法院结合实际案件判定。
依据《中华人民共和国刑法》，强奸罪从轻处罚情形有：一是从犯，在共同犯罪中起次要或辅助作用，如负责望风者，可比照主犯从轻；二是犯罪未遂，因意志外原因未得逞，像实施时被他人发现；三是自首，犯罪后自动投案如实供述；四是立功，揭发他人犯罪或提供线索侦破案件；五是未成年人犯罪，已满十四不满十八周岁的应从轻处罚。
《刑法》规定，被判处管制、拘役、有期徒刑、无期徒刑的犯罪分子，执行期间认真遵守监规、有悔改或立功表现可减刑，有重大立功表现应当减刑。一般减刑后实际执行刑期，判处管制、拘役、有期徒刑的不少于原判刑期二分之一。如强奸罪判9年，至少服刑4年半多，具体减刑幅度综合考量，由执行机关提建议，法院裁定，立功或增加幅度但通常不超原判刑期一半。
依据《中华人民共和国刑法》，以暴力等手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑；奸淫不满十四周岁幼女的，以强奸论，从重处罚。若存在以下情形之一，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或死刑：强奸或奸淫情节恶劣；多人；在公共场所当众实施；二人以上轮奸；奸淫不满十周岁幼女或致其伤害；致被害人重伤、死亡等严重后果。
强奸罪受害者赔偿金额无固定标准。赔偿分为两方面：一是物质损失赔偿，涵盖因犯罪行为导致就医治疗的各项费用，依实际产生费用计算；二是精神损害赔偿，实践中法院通常不受理相关民事诉讼，若双方在刑事诉讼中达成和解，被告人自愿给付则不受限。具体赔偿需结合案件多因素确定。
仅有被害人的证言通常可立案。依据《刑事诉讼法》，公安机关对报案等材料应按管辖范围审查，有犯罪事实需追究刑责就要立案。被害人证言能初步证明强奸犯罪事实可能存在，符合条件公安应立案侦查。但立案只是起始，定罪需确实、充分证据，仅被害人证言单薄，还需侦查机关收集物证等形成证据链，以准确定罪量刑。
取得被害人谅解是酌定从轻处罚情节。强奸罪属严重暴力犯罪，一般情形处三年以上十年以下有期徒刑，奸淫幼女从重处罚，情节恶劣等情形处十年以上有期徒刑、无期徒刑或死刑。若犯罪嫌疑人获谅解，法院量刑会酌情考虑，情节一般在三至十年幅度内适当从轻，严重的从轻幅度有限，也可能避免最严刑罚，最终量刑综合多方面判定。
强奸罪不起诉分为法定、酌定和证据不足不起诉三类。法定不起诉适用于情节显著轻微等六种免予追究刑事责任的情形；酌定不起诉针对犯罪情节轻微、依刑法规定无需判处刑罚或可免除刑罚的情况，如嫌疑人自动投案、获被害人谅解等；证据不足不起诉则是二次补充侦查后，检察院认为证据不足、无法形成完整证据链证明犯罪行为时作出的决定。
