强奸罪经过两次退侦后，若人民检察院仍认为证据不足，不符合起诉条件，应当作出不起诉的决定；若证据充分，符合起诉条件，则会提起公诉，由法院对犯罪嫌疑人是否构成强奸罪及量刑等进行审判。
在拐卖妇女过程中实施强奸行为的，不单独定强奸罪，而是作为拐卖妇女罪的加重情节。根据法律规定，拐卖妇女且有强奸等情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产；情节特别严重的，处死刑，并处没收财产。
杀人未遂与强奸罪并罚时，需综合犯罪情节与危害后果量刑。杀人未遂可参照既遂从轻或减轻处罚，强奸罪依犯罪情形在三年以上量刑。若两罪均情节严重恶劣，可能获十年以上有期、无期甚至死刑；情节较轻，也可能处三到十年有期徒刑。
男对男实施强奸，若被害人是14周岁以下男童，定猥亵儿童罪，处五年以下有期徒刑，情节恶劣的处五年以上有期徒刑。若被害人是14周岁以上男性，定强制猥亵罪，处五年以下有期徒刑或拘役，聚众或在公共场所实施的，处五年以上有期徒刑。
依据《中华人民共和国刑法》，犯强奸罪，一般处三年以上十年以下有期徒刑。若有强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣；强奸妇女、奸淫幼女多人；在公共场所当众强奸妇女等情形，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑，奸淫不满十四周岁幼女从重处罚。
若小三怀孕后告男方强奸，警方会详细调查是否存在违背妇女意志、使用暴力胁迫等手段强行与妇女发生性关系的事实。若经调查无强奸事实，小三可能涉嫌诬告陷害，需承担法律责任；若查证存在强奸情况，男方则会被依法追究强奸罪的刑事责任。
当出现有强奸行为又实施诈骗的情况，应按数罪并罚处理。因为强奸行为触犯了强奸罪，而诈骗行为触犯了诈骗罪，这是两个独立的犯罪行为，侵害了不同的法益，所以司法机关会分别对强奸罪和诈骗罪进行定罪量刑，然后将所判刑罚合并执行。
法律对强奸追诉时效的规定与量刑幅度相关。若法定最高刑为不满五年有期徒刑，追诉时效是五年；法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑，追诉时效是十年；法定最高刑为十年以上有期徒刑，追诉时效是十五年；法定最高刑为无期徒刑、死刑，追诉时效是二十年。
