征地协议应该与哪个部门签定

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《土地管理法》第53条规定，经批准的建设项目需要使用国有建设用地的，建设单位应当持法律、行政法规规定的有关文件，向有批准权的县级以上人民政府土地行政主管部门提出建设用地申请，经土地行政主管部门审查，报本级人民政府批准。
建设项目需要使用国有土地的可以分为两类，一类是申请使用现有的国有建设用地，按规定，这一类只需要向当地县、市人民政府土地行政主管部门申请，经土地行政主管部门审查后报县、市人民政府批准后即可;还有一类是申请使用国有农用地或集体所有的建设用地和农用地的，涉及农用地转用和征用土地的要经省级以上人民政府批准，由县、市人民政府根据省级以上人民政府的批准文件办理建设用地手续。本案中，乙公司的申请用地则属于后一类，即集体所有的农用地。
根据《土地管理法》的有关规定，无论是上述哪一类用地，乙公司都应向甲县人民政府土地行政主管部门提出用地申请。而办理农用地转用和征用土地的审批是甲县人民政府对上级政府的事，乙公司只需按规定提供有关资料即可。用地被批准后，也由甲县人民政府土地行政主管部门通知乙公司，并负责办理建设用地的有关手续，包括签订土地使用合同和收取有关费用。
土地征收应当严格按照法律程序签订征地补偿协议，具体程序为：
一、市、县国土资源局在被征用土地所在地的村范围内发布征地通告，告知被征用土地的村集体经济组织和村民：征地范围、面积、补偿方式、补偿标准、安置途径以及征地用途等。通告后抢栽、抢种的农作物或者抢建的建筑物不列入补偿范围。
二、市、县国土资源局会同被征地所在地的乡镇政府就征地通告的内容征询村集体经济组织和农民的意见，有不同意见的应记录在案，根据村委会或村民提出的意见分别处理并协调解决。
村委会或村民对补偿标准、安置途径、补偿方式有异议的，市、县国土资源局或被征地所在的乡镇政府，应告知被征地相对人有权提出听证申请，并依法组织听证。
三、市、县国土资源局会同被征用土地的所有权人、使用权人实地调查被征土地的四至边界、土地用途、土地面积，地上附着物种类、数量、规格等，并现场填制调查表一式三份，由国土资源局工作人员和所有权人、使用权人共同确认无误后签字。
四、被征地农村集体经济组织或者村民委员会应当就协议主要内容按照村民大会或者村民代表大会议事程序等民主程序作出决议。
村委会作为被征收主体的，签订协议后，农村集体经济组织或者村民委员会应当向农村村民公示征地补偿安置协议。