我妹妹在公司加班了，给迟到了，有一定的加班费说要扣除，这种情况下允许吗？加班费扣除有相关的规定吗？扣除加班费有规定吗？

劳动法没有扣除职工加班费的规定。
劳动法只有职工加班如何支付加班费的规定，没有扣除职工加班费的规定。根据《劳动法》第四十四条、劳动部《工资支付暂行规定》第十三条规定，用人单位安排劳动者加班的，加班工资应当按以下方式支付加班工资：
工作日加班：小时加班工资标准 =劳动合同规定的月工资标准÷（月计薪天数21.75×8小时）×150%；
休息日加班不能补休的：日加班工资标准 = 劳动合同规定的月工资标准÷月计薪天数21.75×200%；
法定休假日；日加班工资标准 = 劳动合同规定的月工资标准÷月计薪天数21.75×300%.
劳动部
《工资支付暂行规定》
第十三条 用人单位在劳动者完成劳动定额或规定的工作任务后，根据实际需要安排劳动者在法定标准工作时间以外工作的，应按以下标准支付工资：
（一）用人单位依法安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付劳动者工资；
（二）用人单位依法安排劳动者在休息日工作，而又不能安排补休的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付劳动者工资；
（三）用人单位依法安排劳动者在法定休假节日工作的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资。
实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后，由用人单位安排延长工作时间的，应根据上述规定的原则，分别按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150%、200%、300%支付其工资。
经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，其综合计算工作时间超过法定标准工 作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按本规定支付劳动者延长工作时间的工资。
实行不定时工时制度的劳动者，不执行上述规定。
劳动和社会保障部
《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》
劳社部发[2008]3号
按照《劳动法》第五十一条的规定，法定节假日用人单位应当依法支付工资，即折算日工资、小时工资时不剔除国家规定的11天法定节假日。据此，日工资、小时工资的折算为：
日工资：月工资收入÷月计薪天数
小时工资：月工资收入÷（月计薪天数×8小时）。
月计薪天数=（365天-104天）÷12月=21.75天。
这就是加班费扣除的内容。