1、存在的法律依据不同。
个人独资企业依据个人独资企业法设立,受个人独资企业法调整。合伙制企业依据合伙企业法设立,受合伙企业法调整。
2、投资人数和企业财产归属形式不同。
个人独资企业是一个自然人进行的投资,是一个人的行为,企业财产为投资人个人所拥有;合伙企业则不是单个人的行为,它必须由2人以上的合伙人设立,联合经营,企业财产由合伙人共同所有,并由全体合伙人共同管理和使用。
3、责任承担不同。
个人独资企业是一个投资人投资,财产和利润归该投资者所有,故其对企业承担无限责任;合伙企业的财产是由各合伙人出资所形成的,在共同经营中要求共担风险,要求各合伙人对合伙企业的债务承担无限连带责任。
个人独资企业应视其经营、发生的业务可能征收增值税、消费税、营业税、城市维护建设税、教育费附加、资源税、车辆购置税、印花税、房产税、土地使用税、车船税、土地增值税、契税及个人所得税。
根据《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》(国发[2000]16号)的规定:“自2000年1月1日起,对个人独资企业和合伙企业停止征收企业所得税,其投资者的生产经营所得,比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税。