GPLv3协议开源的源代码，可以修改源代码和删除底部版权信息，用于非商业用途吗？

是的。
申请著作权中的源代码应当是你软件整体的源代码。申请人申请软件著作权登记，应当提交如下材料：
（一）按要求填写的软件著作权登记申请表；
（二）软件的鉴别材料；软件的鉴别材料包括程序和文档的鉴别材料。程序和文档的鉴别材料应当由源程序和任何一种文档前、后各连续30页组成。整个程序和文档不到60页的，应当提交整个源程序和文档。除特定情况外，程序每页不少于50行，文档每页不少于30行。
（三）相关的证明文件。这些文件一般包括：自然人、法人或者其他组织的身份证明； 有著作权归属书面合同或者项目任务书的，应当提交合同或者项目任务书；经原软件著作权人许可，在原有软件上开发的软件，应当提交原著作权人的许可证明；权利继承人、受让人或者承受人，提交权利继承、受让或者承受的证明。