目的不同。先行登记保存是指行政机关为防止证据隐匿、转移、销毁或者防止易于灭失的证据灭失,通过法定程序采取的收集证据的一种方式。查封扣押等强制措施是防止危害结果扩大。
审批程序不同。先行登记保存只要机关负责人审批即可(包括正职和副职);查封扣押等强制措施有的需要主要负责人审批,如《无照经营查处取缔办法》《直销条例》《传的销条例》《反垄断法》等。
处理的结果不同。先行登记保存,仅对不宜存放的可以先行变卖拍卖,而且7天自动解除;强制措施,可以先行变卖拍卖,有的法律规定可以变卖冲抵罚款,时限一般30日,可以延长30-15日,《传的销条例》是延长15日,其他是延长30日。