1、犯罪对象不尽相同。前罪的犯罪对象是证人和“他人”；后罪的犯罪对象一般来说是各类证据，包括书证、物证、视听资料、证人证言、当事人的陈述、鉴定结论、勘验笔录、被害人陈述、犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解等。
2、客观方面的表现不同。前罪表现为以暴力、威胁、贿买等方法阻止证人作证或者指使他人作伪证；后罪表现为帮助当事人毁灭、伪造证据。这里的当事人包括民事和行政诉讼中的原告、被告以及第三人，刑事诉讼中的犯罪嫌疑人、被告人、自诉人、被害人、附带民事诉讼中的原告人和被告人。
3、犯罪主观方面的要求不同。帮助毁灭、伪造证据罪的主观方面必须出于帮助当事人的动机，且这是该罪必备的构成要件；妨害作证罪则无此要求。
4、成立犯罪的要求不同。前罪刑法没有对此作出明文要求。而帮助当事人毁灭、伪造证据必须情节严重才能构成犯罪，情节严重通常是指因行为人帮助毁灭、伪造了证据，严重妨碍了诉讼活动正常进行的；因行为人的帮助行为造成的；在大案、要案中帮助当事人毁灭、伪造证据，并造成恶劣社会影响的；帮助多人或多次帮助他人毁灭、伪造证据；犯罪动机特别恶劣的；犯罪手段特别狡猾的；等等。
两罪虽然存在上述差异，但对于以下情形应该如何定罪，则需进一步研究。即行为人帮助当事人阻止证人作证或指使他人作伪证的，应该如何定罪
我们认为，对于这种情况，应以妨害作证罪定罪处罚。以下针对帮助当事人阻止证人作证和帮助当事人指使他人作伪证分别阐述理由如下：
(1)前已述及，毁灭不同于隐匿。阻止证人作证只是妨害了证人的出现，或者说，妨害了证人证言这种证据的显现。它不同于将证人杀害。如果将证人杀害，则是彻底使该证人证言消灭，属毁灭证据。因此，妨害作证罪中的阻止证人作证不能被帮助毁灭、伪造证据罪中的毁灭证据所包容。从这个意义上讲，帮助当事人阻止证人作证的行为不能构成帮助毁灭、伪造证据罪，只能定妨害作证罪。
(2)前已述及，本文对帮助毁灭、伪造证据罪中的“帮助”作了最广义的解释，即，帮助是指行为人基于帮助当事人的动机而实施的所有毁灭、伪造证据行为，包括行为人直接为当事人实施毁灭、伪造证据的行为，也包括出谋划策唆使当事人实施毁灭、伪造证据的行为。该解释仍然不包括这种情形，即行为人基于帮助当事人的动机而指使他人伪造证据，因此，对此种情形只能以妨害作证罪定罪处罚。
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