去哪个部门可以查询自己的房屋有没有被民间借贷抵押？

不一定要进行办理，需要根据实际情况来进行确定。
1、根据《担保法》规定，抵押人和抵押权人应当签订书面抵押合同。民间借贷的双方当事人在借款时不签订借款合同，仅仅有借条，而借条内容过于简单。以住房作为抵押，不签订房地产抵押合同，仅以口头约定，极易产生纠纷。
2、第三人以自己所有的住房为人的借款做担保，不签订抵押合同。在实际操作中，第三人为债务人提供担保，为保障自己的权益，约束债务人及时履行义务，往往会要求债务人向自己提供反担保。在这种情况下，不仅要签订书面的抵押合同，而且应当签订书面的反担保合同。