中国国籍，有日本永久居住证，和日本女朋友结婚，是可以日本当局办理结婚证吗？

可以，你们属于跨国婚姻，具体程序如下：
涉外婚姻申请登记程序
一.中国公民同外国人（包括长驻我国和临时来华的外国人、外籍华人、定居我国的侨民）在中国境内自愿结婚的，男女双方当事人必须共同到中国公民一方户口所在地的省、自治区、直辖市人民政府指定的婚姻登记机关申请登记。
二.申请结婚登记的男女双方，必须遵守中华人民共和国婚姻法和本规定的有关条款。
三.申请结婚登记的中国公民和外国人，须分别持有下列证件：
甲.中国公民：
（一）本人的户籍证明（包括身份证）；
（二）本人户口所在地的县级人民政府或工作所在单位的县级以上机关、学校、事业、企业单位出具的本人姓名、性别、出生年月、民族、婚姻状况（未婚、离婚、丧偶）、职业、工作性质、申请与何人结婚的证明。
乙.外国人：
（一）本人护照或其他身份、国籍证件；
（二）公安机关签发的《外国人居留证》，或外事部门颁发的身份证件，或临时来华的入境、居留证件；
（三）经本国外交部（或外交部授权机关）婚姻状况证明。
丙.外国侨民：
（一）本人护照或代替护照的身份、国籍证件（无国籍免交）
（二）公安机关签发的《外国人居留证》；
（三）本人户口所在地县级人民政府或工作所在单位的县级以上机关、学校、事业、企业单位出具的本人姓名、性别、出生年月、婚姻状况、职业、申请与何人结婚的证明。 此外，申请结婚的男女双方，还须提交婚姻登记机关指定医院出具的婚前健康检查证明。
四.下列中国公民不准同外国人结婚；
（一）现役军人、外交人员、公安人员、机要人员和其他掌握重大机密的人员；
（二）正在接受劳动教养和服刑的人。
五.凡证件齐全、符合本规定的中国公民和外国人，可持证件和男女双方照片，到婚姻登记机关提出申请。经婚姻登记机关审查了解，符合中华人民共和国婚姻法和本规定的准予登记，一个月内办理登记手续，发给结婚证。结婚证须贴有男女双方当事人照片，并加盖办理涉外婚姻登记的县级以上人民政府婚姻登记专用章（钢印）。
六.中国公民和外国人在华要求离婚的，应按中华人民共和国《民事诉讼》有关规定，向该管人民法院提出离婚诉讼。要求复婚的，按结婚办理。
七.申请结婚的中国公民和外国人应向婚姻登记机关交纳婚姻证书工本费和登记手续费。所需翻译费由本人自理。

可以到日本当地大使馆领取结婚证