开了个修车店，查环保的要办环保证，还要五千块钱，该怎么办

根据环保局相关要求整改。
根据《汽修行业环保治理企业（业户）须知》
三、以申请环保手续企业的营业场所面积为基准，5000平方及以上的，无论是否涉及钣金喷漆项目，都要做报告表，由第三方机构做环评报告，经环保部门验收合格出具相关文书证明，经营方为合法；
5000平方以下的，填写登记表备案，企业（业户）取得环保备案登记号，经营即为合法。
逾期未完成整改的，从10月份开始，环保部门下达停业通知书，交通运输部门吊销其经营许可，抄告工商部门撤销营业执照、抄报属地政府予以关停。