主合同和补充合同相冲突如何办

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合同补充协议是对原合同未尽事宜，或者合同履行过程新发生的情况而另外进行的约定。与合同的变更协议不同，但实务中订立的以“补充协议”为名的协议，其实质内容却常是合同的补充并有变更。
《合同法》第七十七条 当事人协商一致，可以变更合同。
法律、行政法规规定变更合同应当办理批准、登记等手续的，依照其规定。
第七十八条 当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。
相关案例：
2006年我用房子在银行抵押贷款100万，作为生意上的流动资金，每年到期后只要先把钱还上，之后就可再次贷款100万出来。2009年6月我将该房屋出租出去，并与租户签订了租赁合同，随后租户按约一次性付清了我五年房租费，并约定2010年的7月1日交房。但是2009年年底，我一时拿不出钱还银行的100万。于是我就与租户商量，他表示还是非常想租我的房子，并愿意先借给我100万还银行。于是我们另外签订了租赁合同的补充协议，载明由其先借给我100万还银行贷款，防止房屋被银行收走，随后我再次贷款下来归还他这100万。但是最终他未能借给我这100万，房子也被银行收走了，我想退还他租金结束合同，可他还不依不饶问我要违约金，不知补充协议和主合同效力究竟该如何理解?
律师说法：
本案违约的是租户，不是房东。补充协议名为“补充”实际也是协议，一般情况下，只要与主合同不冲突补充协议可以作为主合同的补充，应当有效;当主合同与补充合同产生冲突时，只要主合同中没有“不允许补充协议对主合同修改”的限制条款，一般应以补充合同为准。本案中，100万的借款协议是作为租赁协议的补充协议存在，且租户也知道履行该协议是房屋租赁协议履行的必要条件，那么租户就应按协议履行该借款协议。其未能履行该借款协议本身就是一种违约行为，而该违约行为最终导致的主合同无法履行是其违约行为的必然后果。