司法拍卖的股权被质押了应该如何办

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对已经被质押的股权进行拍卖的，拍卖所得的价款优先偿还质押权人的债务，然后再偿还申请人的债务。
《最高人民法院关于人民执行工作若干问题的规定(试行)》
人民法院对被执行人所有的其他人享有抵押权、质押权或留置权的财产，可以采取查封、扣押措施。财产拍卖、变卖后所得价款，应当在抵押权人、质押权人或留置权人优先受偿后，其余额部分用于清偿申请执行人的债权。