信用社贷款用房屋土地使用权做房屋抵押，怎么办？

这个是需要区分具体的土地利用性质的。虽然《物权法》明确提出“自动续期”，但是由于缺乏细则，如何“自动续期”存在不确定性，目前来说难以操作。各地方情况不一样,建议到当地有关部门咨询。
参考条文：《物权法》第一百四十八条规定建设用地使用权期间届满前，因公共利益需要提前收回该土地的，应当依照本法第四十二条的规定对该土地上的房屋及其他不动产给予补偿，并退还相应的出让金。
第一百四十九条规定住宅建设用地使用权期间届满的，自动续期。
非住宅建设用地使用权期间届满后的续期，依照法律规定办理。该土地上的房屋及其他不动产的归属，有约定的，按照约定;没有约定或者约定不明确的，依照法律、行政法规的规定办理。