国税通用机打发票超过3万，申报可以零申报吗

不可以。
开具发票的部分应当计算缴纳增值税，没有开具发票的部分同样应当计算缴纳增值税。只有全部销售额（包括开具发票的销售额和没有开具发票的销售额）没有超过3万元，才免征增值税。
即使全部销售额没有超过3万元，或者全部销售都开具了发票，没有3超过万元，免征增值税，也必须按照实际的销售额进行申报，只是相应的销售额和税额应当填写在免税或者不达起征点栏内。