深圳户口在户籍所在地档案不在一个区怎么办

1、两者无关的：迁移户口与当事人的个人档案是否迁移，是无关的，两者分属于不同的部门管辖；
2、迁移个人档案的，必须迁入地的用人单位、人力资源与社保部门同意接收的，才能迁移；
3、而迁移户口的，必须迁入地的集体及户主同意接收，并且当事人能交验迁移户口需要的证件、资料，符合当地的户籍迁移政策（如：社保迁户，需要符合当地户籍政策第11条的规定等）的，才能迁移；
4、当事人可以在办理户口迁入手续后，再带上本人的户口本、有效身份证等，咨询户口迁入地的人力资源与社会保障部门工作人员，以对方的答复为准。《深圳市户籍迁入若干规定》（深府〔2016〕59号）：第十一条持有深圳市居住证，且在深具备合法稳定就业和合法稳定住所（含租赁）条件的人员，在年度计划安排额度内，经审批可办理居住社保迁户。居住社保迁户以积分制办法实施，积分主要指标为参加深圳社会养老保险年限和拥有深圳合法产权住房年限（或合法租赁住房），具体办法，由市发展改革部门会同市公安等部门另行制定。符合本条规定人员迁户时，男性应当在55周岁以下，女性应当在50周岁以下。