新车开票价低于裸车价4000会被扣除保险吗

1、这个并不一定，车辆购置税的计算方式依照“最低计税价格”为基准。通俗点说，其实购置税的具体价格不是以指导价为基数来进行计算，而是以裸车的购车价（即购车发票上的价格）为准。当发票的价格低于最低计税价格时，才会最低计税价格进行征收。
2、法律依据是《车辆购置税征收管理办法》第九条第五款规定：
国家税务总局未核定最低计税价格的车辆，计税价格为纳税人提供的有效价格证明注明的价格。有效价格证明注明的价格明显偏低的，主管税务机关有权核定应税车辆的计税价格。