两个险种的赔偿原则和赔偿顺序不同，交强险实行的是“无过错责任”原则，即无论被保险人是否在交通事故中负有责任，保险公司均在责任限额内予以赔偿。而商业三者险采取的，则是“保险公司根据被保险人在交通事故中所承担的事故责任，来确定其赔偿责任”。在赔偿顺序上应先在交强险项下赔付，超出赔付范围的，再由商业三者险进行赔偿。此外，在商业三者险中设置有免赔率或免赔额等规定，即保险公司对超出免赔率或免赔额的部分才进行赔偿。在赔偿顺序上应该是交强险先赔偿，超额部分再由商业三者险进行赔偿。
【法律依据】
《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十六条，同时投保机动车第三者责任强制保险和第三者责任商业保险（以下简称“商业三者险”）的机动车发生交通事故造成损害，当事人同时起诉侵权人和保险公司的，人民法院应当按照下列规则确定赔偿责任：
（一）先由承保交强险的保险公司在责任限额范围内予以赔偿；
（二）不足部分，由承保商业三者险的保险公司根据保险合同予以赔偿；
（三）仍有不足的，依照相关规定由侵权人予以赔偿。
被侵权人或者其近亲属请求承保交强险的保险公司优先赔偿精神损害的，人民法院应予支持。（《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》将于2020年12月31号失效）
《民法典》第一千二百一十三条，机动车发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，先由承保机动车强制保险的保险人在强制保险责任限额范围内予以赔偿；不足部分，由承保机动车商业保险的保险人按照保险合同的约定予以赔偿；仍然不足或者没有投保机动车商业保险的，由侵权人赔偿。（《民法典》生效时间为2021年1月1日）
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