您好我和部队的军人离婚，婚后分的一处军队公寓房协议注明由我居住，现在部队要清退

离婚诉讼，一般是在被告住所地法院起诉，被告住所地与经常居住地不一致的，由被告经常居住地人民法院管辖，但以下情况可以在原告住所地起诉: 1、被告离开住所地超过一年的，由原告住所地人民法院管辖；双方离开住所地超过一年的，由被告经常居住地人民法院管辖，没有经常居住地的由原告起诉时居住地的人民法院管辖。 2、被告下落不明或者宣告失踪的，由原告住所地人民法院管辖；原告住所地与经常居住地不一致的，由原告经常居住地人民法院管辖。 3、被告被劳动教养或者被监禁的，由原告住所地人民法院管辖；原告住所地与经常居住地不一致的，由原告经常居住地人民法院管辖。 4、非军人对非文职军人提起离婚诉讼由原告住所地人民法院管辖；双方当事人都是军人的，由被告住所地或者被告所在的团级以上单位驻地的人民法院管辖。 5、被告不在中华人民共和国领域内居住的，由原告住所地人民法院管辖；原告住所地与经常居住地不一致的，由原告经常居住地人民法院管辖。 6、中国公民双方在国外但未定居，一方向人民法院起诉离婚的，由原告或者被告原住所地的人民法院管辖

公寓房属于军产，你们之间的协议对你们两个人产生效力，对军队不产生效力。当然，本身该套公寓房是否属于应当清退的公寓房，这个要看具体情形，是另一个问题了。