依据相关法律的规定,劳动合同一般是一式两份的,公司私自销毁留存合同的,可以用员工保留的那一份作为证据,如果员工没有留存合同的,由用人单位承担举证的责任。
《中华人民共和国劳动合同法》
第十六条劳动合同由用人单位与劳动者协商一致,并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。
劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》
第六条发生劳动争议,当事人对自己提出的主张,有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的,用人单位应当提供用人单位不提供的,应当承担不利后果。