根据您提供的信息,本案企业未经与农民协商一致就占用农民耕地修管道的行为属于侵权行为。农民可以先向当地的自然资源等政府行政部门投诉,经处理未果的,农民可以向法院提起诉讼,请求法院判决企业承担停止侵害、排除妨碍、恢复原状、赔偿损失等侵权责任。法院的判决发生法律效力后,企业未在生效判决确定的期限内履行相关义务的,农民可以申请法院强制执行。《民法典》第一百七十九条规定:“承担民事责任的方式主要有:(一)停止侵害;(二)排除妨碍;(三)消除危险;(四)返还财产;(五)恢复原状;(六)修理、重作、更换;(七)继续履行;(八)赔偿损失;(九)支付违约金;(十)消除影响、恢复名誉;(十一)赔礼道歉。法律规定惩罚性赔偿的,依照其规定。本条规定的承担民事责任的方式,可以单独适用,也可以合并适用。”《民事诉讼法》第二百三十六条规定:“发生法律效力的民事判决、裁定,当事人必须履行。一方拒绝履行的,对方当事人可以向人民法院申请执行,也可以由审判员移送执行员执行。……”