1、侵犯的客体不同。盗掘古文化遗址、古墓葬罪侵犯的客体是复杂客体,即国家对古文化遗址、古墓葬的管理制度和国家的财产所有权;而盗窃罪侵犯的是单一客体,即公私财产所有权。前者侵犯的对象是古文化遗址、古墓葬,是不可再生物,一般是不能以金额计算的,一旦遭到破坏,损失无法挽回;后者侵犯的对象是一般的公私财物。
2、客观表现不同。前者表现为违反文物保护法规,未经国家文化主管部门批准,私自挖掘古遗址、古墓葬的行为,其行为方式可以是秘密的,也可以是公开的,而且不论是否窃得文物,只要实施了盗掘行为,就构成本罪。后者则表现为秘密窃取公私财物,构成犯罪必须以盗窃数额较大为前提,如果未窃取到财物,就是盗窃未遂。