1、同居关系子女抚养协议有效。只要孩子的生父母签订非婚生子女抚养协议的意思表示真实;非婚生子女抚养协议的有关内容不违反法律、行政法规的强制性规定,不违背公序良俗,且孩子的生父母具有完全民事行为能力,在签订协议时经过双方签字确认,并写明签订日期,那么该协议就法律效力。
2、法律依据:《民法典》
第一百四十三条 具备下列条件的民事法律行为有效:
(一)行为人具有相应的民事行为能力;
(二)意思表示真实;
(三)不违反法律、行政法规的强制性规定,不违背公序良俗。
第一百四十四条 无民事行为能力人实施的民事法律行为无效。