1、犯罪客体不同。打击报复证人罪侵犯的客体是复杂客体,即国家司法单位的正常活动和公民依法作证的民主权利。
报复陷害罪侵犯的客体是公民依法享有的控告、申诉、批评、检举等民主权利,同时也妨害了国家单位的正常管理活动
2、犯罪的客观方面不同。打击报复证人罪的客观表现为对证人进行打击报复的行为。既可以是行为人利用手中职权,假公济私,对证人进行打击报复,也可以是行为人没有利用职权而对证人采用恐吓、行凶、伤害等手段进行报复。报复陷害罪的客观方面则表现为行为人利用手中的职权,假公济私,对他人进行报复陷害的行为。其侵害的对象只限于控告人、申诉人、批评人、举报人。