民法典规定的工程合同纠纷案件流程

结论：依照法律规定。
解析：
1、首先要准备起诉状，各项证据材料，包括合同及证明对方违约事实的证据。
2、各项材料准备好以后，到管辖地法院立案厅立案就行了。
3、立案后法院程序如下：立案-庭前调解-庭审（开庭、法庭调查、质证、辩论、最后陈述、休庭）-领取判决-申请执行。
法律依据：
《民事诉讼法》第一百四十四条
法庭辩论按照下列顺序进行：
（一）原告及其诉讼代理人发言；
（二）被告及其诉讼代理人答辩；
（三）第三人及其诉讼代理人发言或者答辩；
（四）互相辩论。
法庭辩论终结，由审判长或者独任审判员按照原告、被告、第三人的先后顺序征询各方最后意见。
《民事诉讼法》第一百四十五条
法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。