1、性质不同。行政复议是由上级行政机关根据公民、法人或者其他组织的申请，以下级行政机关作出的行政行为依法进行审查，行政机关系统内部自我纠正错误，行政复议本身也属于行政行为。行政诉讼是由人民法院根据当事人的起诉。对行政机关作出的行政行为进行审查，属于司法行为。
2、受案范围不同。除行政机关作出的行政处分和其他人事处理以及行政机关对民事纠纷作出的调解和处理外，当事人对行政机关所有具体行政行为不服的，都可以依法申请行政复议，有关行政机关制发的“红头文件”依法也是行政复议的审查对象。而行政诉讼的受案范围受到行政诉讼法规定的限制，比行政复议的受案范围要窄。
3、提起时间及方式不同。当事人申请行政复议可以自知道具体行政行为之日起60日内提出，法律规定的申请期限超过60日的除外。行政复议即可以书面申请，也可以口头申请。当事人直接向人民法院提起行政诉讼的，应当自知道具体行政行为作出之日起三个月内提出;经过行政复议仍然不服再向人民法院起诉的，应当自收到行政复议决定书之日起15日内提出。行政诉讼必须向人民法院递交书面诉讼状。
4、审理制度不同。行政复议原则上实行一级复议制，即只复议一次，对行政复议决定不服的，不能再申请行政复议，但可以依法提起行政诉讼;行政诉讼实行两审终审，不服一审法院作出的判决，可以上诉至上一级法院，二审法院作出的判决才是终审判决。行政复议不仅审查行政行为的合法性，还要审查行政行为的适当性;行政诉讼只审查行政行为的合法性，原则上不审查行政行为的适当性。行政复议采取书面审查的办法，但申请人提出要求或者法制机构认为有必要的，可以向有关组织和人员调查情况，听取意见;行政诉讼一般开庭审理。行政复议应当自受理行政复议申请之日起60日内结案，情况复杂的，经批准可以延长，但延长期限最多不得超过30日;行政诉讼一审在三个月内结案，二审在二个月内结案，案情复杂的，经依法令批准也可以延长办案期限。
5、公民、法人或者其他组织申请行政复议，行政复议机关已经依法受理的，或者法律、法规规定应当先向行政复议机关申请行政复议、对行政复议决定不服再向人民法院提起行政诉讼的，在法定行政复议期限内不得向人民法院提起行政诉讼。
公民、法人或者其他组织向人民法院提起行政诉讼，人民法院已经依法受理的，不得申请行政复议。
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