⒈两罪的客观行为表现不同。本罪是违反国家相关规定运用社会保障基金、住房公积金以及其它一些公众资金的行为,而背信运用受托财产罪则是违背受托义务,擅自运用客户资金以及其他委托、信托的财产的行为。此外,背信运用受托财产罪中的“违背受托义务”,不仅仅只是局限于违背委托人与受托人之间具体约定的义务,还包括违背法律、行政法规、部门规章规定的法定义务,但委托人与受托人之间具体约定的义务在本罪中则是不存在的。
⒉ 两罪的犯罪主体不同。本罪的犯罪主体主要是社会保障基金管理机构、住房公积金管理机构等公众资金管理机构,以及保险公司、保险资产管理公司、证券投资基金管理公司中直接负责的主管人员和其他直接责任人员,而背信运用受托财产罪的主体则主要是商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构。