第一,主体不同。在间接代理合同中,法律对代理人的主体资格没有特别的限制规定,只要是具有相应的民事行为能力的人,即可以成为代理人。而在行纪合同中,行纪人的主体资格受到限制,根据法律规定,只有经批准有权从事行纪业务的自然人、法人或相关组织才可以成为行纪人。
第二,是否可以行使介入权、选择权不同。在间接代理中,如果第三人在订立合同时知道受托人与委托人之间的代理关系,则合同直接约束受托人和第三人。而如果第三人在订立合同时不知道委托人与受托人之间的代理关系,根据法律规定,如果受托人因第三人的原因对委托人不履行义务,受托人应当向委托人披露第三人,委托人此时可以行使介入权,主张受托人对第三人的权利。
第三,定性不同。行纪合同是有偿的,行纪人都是专门从事行纪业务的经纪人,其所从事的业务一般仅为商事活动。而在间接代理中,代理人没有主体资格的限制,其代理的范围不仅包括商事或外贸代理,而且包括一般的民事活动,既可能是有偿的也可能是无偿的。