1、犯罪主体不同
(1)为亲友非法牟利罪的主体是国有公司、企业、事业单位的工作人员。
(2)非法经营同类营业罪的主体是国有公司、企业的董事和经理。
2、客观方面不同
(1)为亲友非法牟利罪在客观方面,所实施的行为表现为利用职务便利,将本单位的盈利业务交由自己的亲友经营,或者以明显高于市场的价格向自己的亲友进行经营管理的单位采购商品或者明显低于市场的价格向自己的亲友经营管理的单位销售商品,或者向自己的亲友经营管理的单位采购不合格商品,而使国家利益遭受重大损失或特别重大损失。
(2)非法经营同类营业罪在客观方面表现为利用职务便利,自己经营或者为他人经营与其所任职公司、企业同类的营业,获取非法利益,数额巨大的行为。