1、处理农村土地确权纠纷双方可以协商或者请求村民委员会、乡镇人民政府调解解决,当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的可以向辖区仲裁机构申请仲裁或向人民法院起诉。
2、法律依据《土地管理法》
第十四条 土地所有权和使用权争议,由当事人协商解决;协商不成的,由人民政府处理。单位之间的争议,由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议,由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的,可以自接到处理决定通知之日起三十日内,向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前,任何一方不得改变土地利用现状。