确认行政协议无效是不是民事纠纷

1、确认行政协议无效双方处于平等地位的属于民事纠纷，双方处于非平等地位的属于行政纠纷。人民法院判决确认行政协议违法或者无效的，可以同时判决责令被告采取补救措施；给原告造成损失的，依法判决被告承担赔偿责任。
2、《民法典》第十条
处理民事纠纷，应当依照法律；法律没有规定的，可以适用习惯，但是不得违背公序良俗。
第十一条
其他法律对民事关系有特别规定的，依照其规定。
《行政诉讼法》第七十五条
行政行为有实施主体不具有行政主体资格或者没有依据等重大且明显违法情形，原告申请确认行政行为无效的，人民法院判决确认无效。