结婚12年有一个9岁儿子，结婚3年不孕四处看病后怀孕，9年了至今未有过，现在感情不合想离婚，想要孩子抚养权，主要是我自己每月3000左右的工作，父母年龄也大，我怕法院把孩子给男方

能不能离婚或者是想离婚，需要根据男女双方的具体情况来看，看选择哪种离婚方式，看你们之间是否存在可以判离婚的情形等。离婚有两种方式选择，一种方式是双方协议离婚，协商好双方一起去民政局办理相关离婚手续，这种情况是男女双方都同意离婚；另一种方式是去法院提起诉讼离婚，这种情况适用于一方不同意离婚。法院判决离婚的标准是夫妻感情确已破裂，而夫妻感情确已破裂是根据男女双方之间的情况来判定的，主要是判定双方之间是否存在家暴、遗弃、虐待、吸毒、赌博、重婚、坐牢、感情不和分居两年以上、难以治愈的身体缺陷或疾病等情形，法院会根据双方的情况来判定。
如果男女双方之间不存在以上诉讼离婚中视为夫妻感情破裂的情形，那么第一次起诉离婚法院一般不会判决男女双方离婚，需要男女双方第二次诉讼时法院才会判决男女双方离婚，第二次起诉离婚的时间是第一次判决生效后的六个月后。当然在这个期间男女双方是可以随时协议离婚的。
对于小孩的抚养权一般先由男女双方协商解决，双方协商解决不了起诉到法院，法院会根据双方的扶养条件、教育背景、小孩年龄以及夫妻双方是否存在不适合抚养小孩的特殊情形来判决。
因为你们有两个小孩，所以实践中法院为了公平，考虑孩子父母的情况，一般是平均分配，即尽量做到双方一人抚养照顾一个小孩，除非双方中有一方存在特殊情形。这里的特殊情形是指一方长期存在家暴、遗弃、虐待小孩的情形或者是自身存在吸毒、赌博的恶习且屡教不改。