非法同居育有两个孩子怎么处理抚养权问题

1、非法同居期间生的孩子一般由双方共同抚养，同居关系解除的，抚养权可以双方协商;协商不成的，人民法院应根据子女的利益和双方的具体情况判决，哺乳期内的子女，原则上应由女方抚养，如条件允许，女方同意，也可由男方抚养。
2、法律依据：《中华人民共和国民法典》第一千零七十一条规定，非婚生子女享有与婚生子女同等的权利，任何组织或者个人不得加以危害和歧视。不直接抚养非婚生子女的生父或者生母，应当负担未成年子女或者不能独立生活的成年子女的抚养费。