要认定农村宅基地合作建房协议是否有效,应该从我国现行法律法规关于宅基地的性质、目的以及流转的规定进行综合分析。《物权法》第一百五十三条规定:“宅基地使用权的取得、行使和转让,适用土地管理法等法律和国家有关规定。”而《土地管理法》第62条第3款规定:“农村村民出卖、出租住房后,再申请宅基地的,不予批准。”这规定并非对宅基地使用权转让的禁止,而是对农民宅基地分配申请资格上的限制。宅基地使用权是一种特殊的用益物权,使用权人必须是本集体经济组织成员,宅基地只能用于建造住宅,主要用途是自用,限于居住功能。我国对宅基地的流转亦采取了严格的限制,宅基地只能在本集体经济组织成员间转让,禁止城镇居民在农村购置宅基地。