签订合同的补充协议时，应当注意的问题是什么

签订合同的补充协议时，应当注意以下问题：
1、补充协议的当事人应当与原合同当事人严格一致。
2、补充协议的形式应当与原合同一样完备。
3、严格防止与原合同发生内容矛盾。
根据建设部的有关规定要求，施工合同要到建设部规定的主管部门进行备案，而补充协议作为施工合同的组成部分也应该到相应的主管部门备案。虽然建设部的规定要求并不属于法律要求，但为了尽可能的保障合同的法律效力和双方的合法权益，最好将施工合同补充协议也进行备案。
《招标投标法》第四十六条第一款规定，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
如果建设工程施工合同是通过招投标签订的，招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的补充协议，否则是无效的。
1、因补充协议签订在后，且对施工合同约定进行了变更，双方应按补充协议约定的固定单价方式进行结算。开发公司虽称补充协议系迫于政府部门、施工进度、工期、返迁等各种压力签订，但并未否认此协议真实性，亦未主张撤销，故补充协议对其仍有拘束力。
2、最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条关于“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据”之规定针对的是当事人在中标合同之外另行签订建设工程施工合同，以架空中标合同、规避中标行为和行政部门监管情形，而补充协议是在双方履行施工合同过程中，为解决因工程多次停工给建筑公司造成的损失而签订，只是变更了结算方式，施工合同其他工程质量、工期、项目性质等内容并未涉及，双方签订补充协议后，依然以施工合同为主要合同依据继续履行，故从性质上判断，补充协议关于结算方式变更，实质系对停工损失赔偿约定，属双方当事人在合同履行过程中经协商一致的合同变更，不属前述司法解释第21条规定的“黑白合同”情形。