实习协议中公司要求实习时间也会6个月如果我在三个月的时候走人不干了会扣违约金吗

您好，不会的。

实习应该不属于劳动关系范畴，而试用期则属于劳动合同期限的一部分，应当属于劳动关系，应当在入职后一个月内签订劳动合同。不过你要证明你后三个月不是实习期，是试用期，否则，单位仍然说你是实习期，不太好说。但是你已经是在全日制单位进行单位安排的日常工作的，与正式员工工作量没有实质性区别的话，鉴于你已经毕业，我觉得你们也可以认定为劳动关系，适用劳动法的有关规定。试用期规定：劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月;劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月;三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同试用期不得超过六个月。另根据《劳动合同法实施条例》第15条的规定，劳动者在试用期的工资不得低于本单位相同岗位最低工资的80%，并不低于用人单位所在地的最低工资标准。