公安机关的这种行为可能不叫拘留。因为根据《治安管理处罚法》,公安机关认为有嫌疑的话有留置盘问的权利,一般不超过8小时,特殊情况由上级批准可以延长至12或24小时。你朋友可能是被留置盘问而并不是拘留。强奸的话,有必要的话可以做一个精子鉴定,那个就是证据。你放心,没有确凿证据,公安机关不会拘留的,万一被拘留,你们可以申请行政复议或者行政诉讼。
补充:因为你朋友有重大嫌疑,所以公安机关要求其接受调查。 其实这个案件不难破,如果你朋友被拘留至今,最好的办法是申请行政复议或者行政诉讼。至于敲诈的话,暂时先不理他们,等结果出来,如果你朋友被冤枉,可以告他们诽谤。